戰(zhàn)略院內設：總體研究所、科技創(chuàng)新理論研究所、科技與經濟社會發(fā)展研究所、區(qū)域科技發(fā)展研究所、前沿科學與先進技術發(fā)展研究所、科技治理與人才研究所、技術預測與統(tǒng)計分析研究所、國際科技關系研究所、科技發(fā)展智能決策研究所等9個研究所；綜合管理與監(jiān)督辦公室、黨委與人力資源辦公室、智庫建設與科研管理辦公室3個管理部門；主辦《中國科技論壇》《科技中國》兩個雜志；設有博士后科研工作站，具備招收資格；委托管理中國科學技術院所聯誼會、中國科學技術指標研究會2個全國性社團組織；擁有聯合國教科文組織首個關注科技創(chuàng)新政策的二類中心“聯合國教科文組織國際科學和技術戰(zhàn)略研究與培訓中心”（CISTRAT）；搭建了“中美科技創(chuàng)新智庫對話會”“一帶一路’科技創(chuàng)新智庫合作網絡”＂中日韓科技政策研討會“和”中德創(chuàng)新政策平臺”等眾多國際合作平臺。

戰(zhàn)略院始終堅持黨對科技事業(yè)的全面領導，面向國家發(fā)展需求，開拓求實，為國家科技創(chuàng)新戰(zhàn)略、規(guī)劃和政策制定發(fā)揮了重要支撐作用。面向未來，戰(zhàn)略院將以習近平新時代中國特色社會主義思想為指導，深入學習貫徹習近平總書記關于科技創(chuàng)新的重要論述，胸懷家國、開思咨政、守正創(chuàng)新、同德行遠，努力打造成高質量服務于黨和國家科技創(chuàng)新重大決策的專業(yè)化、國際化高端智庫。